Departemen Mikrobiologi berada di bawah naungan FK-KMK UGM. Departemen Mikrobiologi memiliki 3 divisi antara lain divisi bakteriologi klinik, divisi mikologi klinik, dan divisi virologi klinik. Departemen Mikrobiologi berperan dalam proses pendidikan, penelitian, dan juga pengabdian masyarakat. Departemen Mikrobiologi juga melayani pemeriksaan laboratorium yang bekerjasama dengan berbagai fasilitas kesehatan di DI Yogyakarta.
