Departemen Mikrobiologi FK-KMK UGM memiliki beberapa fasilitas unggulan seperti laboratorium Biosafety Level (BSL) 2+ yang digunakan untuk pemeriksaan TB yang sudah terakreditasi ISO/IEC 17025:2017 , dan pemeriksaan patogen infeksius lainnya yang berasal dari berbagai fasilitas kesehatan di DI Yogyakarta dan sekitarnya. Selain itu juga memiliki beberapa laboratorium penunjang seperti lab kultur bakteri, lab virus, lab jamur, lab media, lab genomik dan molekuler, dan lab biobank infeksius sebagai sarana penunjang kegiatan penelitian dan pendidikan.